La composition du microbiote intestinal périnatal chez les bovins

Des recherches récentes suggèrent que la colonisation microbienne de l'intestin des mammifères peut débuter avant la naissance, mais ces observations restent controversées en raison des difficultés liées à l'échantillonnage et à l'analyse fiables d'un microbiote de faible abondance. Nous avons étudié le microbiote périnatal de veaux en réalisant des prélèvements immédiatement à la naissance et au cours de la première semaine postnatale. La grande taille des nouveau-nés bovins permet un échantillonnage direct dans le rectum à l'aide d'écouvillons protégés contre la contamination. Nos données d'ADNr 16S, purgées des séquences contaminantes potentielles partagées avec les témoins négatifs, indiquent l'existence d'un microbiote diversifié et de faible abondance dans le méconium et la muqueuse rectale des nouveau-nés. Le microbiote rectal néonatal était composé de Firmicutes, Proteobacteria, Actinobacteria et Bacteroidetes. Le profil microbien ressemblait davantage au microbiote oral de la mère qu'au microbiote fécal ou vestibulaire vaginal, mais comprenait des taxons intestinaux typiques. Au cours du premier jour postnatal, le rectum a été colonisé par Escherichia/Shigella et Clostridia, et la diversité s'est effondrée. À 7 jours, la diversité augmentait de nouveau. En termes d'abondance relative, les Proteobacteria ont été remplacés par des Firmicutes, Bacteroidetes et Actinobacteria, notamment Faecalibacterium, Bacteroides, Lactobacillus, Butyricicoccus et Bifidobacterium. Nos observations suggèrent que les mammifères sont ensemencés avant la naissance par un microbiote diversifié, mais que ce microbiote évolue rapidement au début de la vie postnatale.