Typage HLA à partir de lectures de séquence RNA-Seq

Nous présentons une méthode, seq2HLA, pour obtenir le type et l'expression des antigènes leucocytaires humains (HLA) de classe I et II d'un individu à l'aide de données standard de séquençage RNA-Seq de nouvelle génération. Les lectures RNA-Seq sont mappées sur une base de données de référence d'allèles HLA, et le type HLA, le score de confiance et le niveau d'expression spécifique au locus sont déterminés. Nous avons appliqué avec succès seq2HLA à 50 individus inclus dans le projet HapMap, obtenant 100 % de spécificité et 94 % de sensibilité avec une valeur P de 0,1 pour les types HLA à deux chiffres. Nous avons déterminé le type HLA et l'expression pour des tissus du Body Map Illumina précédemment non typés et un cohort de patients coréens atteints de cancer du poumon. Étant donné que l'algorithme utilise des lectures RNA-Seq standards et ne nécessite aucun changement dans les protocoles de laboratoire, il peut être utilisé pour les ensembles de données existants ainsi que pour les études futures, ajoutant ainsi une nouvelle dimension pour le typage HLA et les études de biomarqueurs.