Multi-omique de l'écosystème microbien intestinal chez les patients atteints de cancer gastrointestinal avec instabilité microsatellite élevée, résistants à l'immunothérapie

Malgré l'efficacité encourageante de l'immunothérapie anti-PD-1/PD-L1 dans le cancer gastrointestinal avancé avec instabilité microsatellite élevée/défaut de réparation des mésappariements (MSI-H/dMMR), de nombreux patients présentent une résistance primaire ou acquise. En utilisant des approches multi-omiques, nous interrogeons le microbiome intestinal, le métabolome sanguin et les cytokines/chimokines de patients atteints de cancer gastro-intestinal MSI-H/dMMR (N = 77) à la base et pendant le traitement. Nous identifions un certain nombre de microbes (par exemple, Porphyromonadaceae) et de métabolites (par exemple, arginine) fortement associés à la résistance primaire à l'immunothérapie. Un cohort de validation indépendante (N = 39) et un modèle murin sont utilisés pour confirmer nos résultats. Un modèle prédictif d'apprentissage automatique pour la résistance primaire est également construit et atteint une précision de 0,79 sur l'ensemble de validation externe. En outre, plusieurs microbes sont identifiés comme ayant changé progressivement au cours du processus de résistance acquise. En résumé, notre étude démontre le rôle essentiel du microbiome intestinal dans la résistance aux médicaments, et cela peut être utilisé comme un outil de diagnostic préventif et une cible thérapeutique dans le futur.