Une technique pour quantifier la taille et la composition de la population des composants de biofilm dans les communautés de bactéries de la phyllosphère

La présence de biofilms microbiens dans la phyllosphère des plantes terrestres a récemment été démontrée, mais peu de techniques sont disponibles pour étudier les biofilms associés aux tissus végétaux vivants. Nous rapportons ici une technique pour estimer la proportion de la population bactérienne sur les feuilles qui est assemblée en biofilms et pour isoler quantitativement les bactéries des composants de biofilm et non-biofilm (solitaires) des communautés microbiennes de la phyllosphère. Cette technique repose sur le retrait des bactéries des feuilles par lavage doux, la séparation des bactéries de biofilm et solitaires par filtration, et la désintégration des biofilms par ultrasonication. Les filtres utilisés pour cette technique ont été évalués pour leurs taux de rétention non spécifiques des bactéries solitaires et pour l'efficacité de la filtration pour différentes concentrations de bactéries solitaires en présence de biofilms et d'autres particules. La létalité et l'efficacité de la désintégration des conditions de sonication utilisées ici ont également été évaluées. L'isolement et la quantification des bactéries par cette technique reposent sur l'utilisation de milieux de culture. Cependant, des sondes d'oligonucléotides, des sérums ou des colorants épifluorescents pourraient également être utilisés pour la caractérisation directe des bactéries de biofilm et solitaires dans les suspensions générées par cette technique. Les résultats préliminaires des estimations de l'abondance des biofilms dans les communautés de phyllosphère montrent que les bactéries dans les biofilms constituent environ 10 à 40 % de la population bactérienne totale sur les feuilles d'endive à large feuille et de persil.