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Le développement de la technologie de séquençage de nouvelle génération a permis aux chercheurs d'explorer et de comprendre le microbiome intestinal d'une perspective plus large et plus profonde. Cependant, les résultats des différentes études sur la microbiote intestinale sont très variables même dans la même maladie, ce qui rend difficile la guidance du diagnostic et du traitement clinique. La méthode de prélèvement idéale devrait être non invasive, impliquer peu de contamination croisée ou de préparation intestinale, et collecter la microbiote intestinale à différents sites. Actuellement, les technologies de séquençage sont généralement basées sur des échantillons collectés à partir de fèces, de biopsies muqueuses, de liquide intestinal, etc. Cependant, différentes parties du tractus gastro-intestinal possèdent diverses caractéristiques physiologiques qui sont essentielles pour des espèces particulières de microbiote vivant. De plus, les méthodes de prélèvement actuelles présentent quelques défauts. Par exemple, les échantillons fécaux ne sont qu'un substitut pour la microbiote intestinale, tandis que les biopsies sont invasives pour les patients et ne conviennent pas aux témoins sains. Dans cette revue, nous résumons les méthodes de prélèvement actuelles et leurs avantages et inconvénients. De nouvelles technologies de prélèvement, telles que le dispositif de biopsie aseptique de Brisbane et la capsule intelligente, sont également mentionnées pour inspirer le développement de futures méthodes de description précise du microbiome intestinal.
Tang et al. (Jeudi,) ont étudié cette question.