Utilisation de l'outil de recherche d'alignement local de base (BLAST)

INTRODUCTIONL'algorithme BLAST a été développé comme un moyen d'effectuer des recherches de similarité de séquences d'ADN et de protéines par un algorithme qui est plus rapide que FASTA mais considéré comme tout aussi sensible. Ces deux méthodes suivent une méthode heuristique (éprouvée) qui fonctionne presque toujours pour trouver des séquences apparentées dans une recherche de base de données, mais n'a pas la garantie sous-jacente d'une solution optimale comme l'algorithme de programmation dynamique. FASTA trouve de courts motifs communs dans les séquences de requête et de base de données et les assemble en un alignement. BLAST est similaire à FASTA, mais gagne un accroissement supplémentaire de vitesse en recherchant uniquement des motifs plus rares et plus significatifs dans les séquences d'acides nucléiques et de protéines. BLAST est très populaire en raison de sa disponibilité sur le World Wide Web grâce à un grand serveur du Centre national d'informations biotechnologiques (NCBI) et dans de nombreux autres sites. L'algorithme BLAST a évolué pour fournir aux biologistes moléculaires un ensemble d'outils de recherche très puissants qui sont disponibles gratuitement sur de nombreuses plateformes informatiques. Cet article est destiné à être un "guide de l'utilisateur" sur les principes sous-jacents du BLAST.