Une validation et une description étendue de la taxonomie de Lund pour le carcinome urothélial utilisant la cohorte TCGA

L'analyse de l'expression génique globale a été un outil majeur pour la découverte des sous-types de carcinome urothélial. Cette approche a révélé une complexité extensive tant dans les caractéristiques intrinsèques des cellules tumorales que dans le microenvironnement. Cependant, l'expression génique globale ne peut pas distinguer les signaux d'expression génique provenant des cellules tumorales propres et des cellules normales dans la biopsie. Ici, nous utilisons une grande cohorte de carcinomes urothéliaux avancés pour lesquels à la fois les données d'expression génique et une immunohistochimie extensive sont disponibles afin de créer un classificateur centré sur l'expression mRNA supervisée. Ce classificateur identifie les principaux phénotypes des cellules tumorales selon la taxonomie de Lund définie par l'IHC. Nous appliquons ce classificateur au jeu de données indépendant TCGA et montrons d'excellentes associations entre les sous-types identifiés et les caractéristiques génomiques. Nous validons une version avancée de Urothelial-like A (UroA-Prog) qui montre des mutations FGFR3 et des délétions CDKN2A, et nous montrons que le variant Urothelial-like C est presque dépourvu de mutations FGFR3. Nous montrons que les tumeurs génomiquement instables sont très distinctes des tumeurs de type Urothelial et que les tumeurs classées comme Basale/SCC-like respectent toutes la définition établie pour les tumeurs de type Basale/SCC. Nous identifions les sous-types de type Mésenchymateux et de type Petites cellules/Neuroendocrines, et démontrons que les patients avec des tumeurs UroB et de type Sc/NE montrent la pire survie globale.