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L'épidémie de COVID-19 du Royaume-Uni au début de 2020 a été l'une des plus grandes au monde et a été remarquablement bien représentée par des échantillons génomiques du virus. Nous avons déterminé la structure de lignée génétique à fine échelle de cette épidémie grâce à l'analyse de 50 887 génomes de coronavirus SARS-CoV-2, dont 26 181 provenant du Royaume-Uni, prélevés au cours de la première vague d'infection du pays. En utilisant des analyses phylogénétiques à grande échelle combinées à des données épidémiologiques et de voyage, nous avons quantifié la taille, les origines spatiotemporelles et la persistance des lignées de transmission génétiquement distinctes au Royaume-Uni. Des fluctuations rapides dans les taux d'importation du virus ont entraîné plus de 1000 lignées ; celles introduites avant le confinement national avaient tendance à être plus grandes et plus dispersées. L'importation de lignées et la diversité régionale des lignées ont diminué après le confinement, tandis que l'élimination des lignées était dépendante de la taille. Nous discutons des implications de notre perspective génétique sur les dynamiques de transmission pour l'épidémiologie et le contrôle du COVID-19.
Plessis et al. (Vendredi,) ont étudié cette question.