Portabilité de 245 scores polygénétiques dérivés du UK Biobank et appliqués à 9 groupes d'ascendance de la même cohorte

La faible portabilité des scores polygénétiques (PGS) à travers les populations mondiales est une préoccupation majeure qui doit être abordée avant que les PGS puissent être utilisés pour tout le monde en clinique. En effet, la précision des prédictions a montré qu'elle diminue en fonction de la distance génétique entre les cohortes d'entraînement et de test. Cependant, ces cohortes diffèrent non seulement par leur distance génétique, mais aussi par leur distance géographique et leur méthode de collecte et d'analyse des données, confondant plusieurs facteurs. Dans cette étude, nous examinons dans quelle mesure les PGS sont transférables entre les ascendants en dérivant des scores polygénétiques pour 245 traits sélectionnés à partir des données du UK Biobank et en les appliquant à neuf groupes d'ascendance de la même cohorte. En limitant à la fois l'entraînement et le test aux données du UK Biobank, nous réduisons le risque de confusion environnementale et de génotypage lié à l'utilisation de différentes cohortes. Nous définissons les neuf groupes d'ascendance à un niveau sous-continental, basé sur une méthode simple, robuste et efficace que nous présentons ici. Nous appliquons ensuite deux méthodes prédictives différentes pour dériver des scores polygénétiques pour tous les 245 phénotypes et montrons une réduction systématique et dramatique de la portabilité des PGS entraînés sur des individus d'ascendance nord-ouest européenne et appliqués à neuf groupes d'ascendance. Ces analyses démontrent que la prédiction diminue déjà au sein des ascendants européens et se réduit globalement en proportion de la distance génétique. Dans l'ensemble, notre étude fournit des informations uniques et robustes sur le problème de la portabilité des PGS.