Caractéristiques du mitogénome et analyse phylogénétique de six espèces d'Apistogramma

Le genre néotropical de cichlidés Apistogramma représente l'un des groupes d'eau douce sud-américains les plus diversifiés sur le plan taxonomique et écologiquement significatifs, pourtant son histoire évolutive et les limites des espèces demeurent mal comprises en raison d'un manque de ressources génomiques complètes. Pour combler cette lacune, cette étude a examiné les caractéristiques mitogénomiques complètes de six espèces représentatives d'Apistogramma (A. agassizii, A. allpahuayo, A. baenschi, A. nijsseni, A. resticulosa et A. cacatuoides) afin d'établir un cadre moléculaire robuste pour l'identification des espèces et la reconstruction phylogénétique. Les résultats ont montré que les mitogénomes d'Apistogramma sont très conservés. Les six espèces d'Apistogramma ont présenté un biais AT significatif. L'analyse de la pression de sélection a révélé que les rapports Ka/Ks pour les 13 gènes codant des protéines étaient compris entre 0 et 1, indiquant que ces gènes étaient soumis à une sélection purificatrice. L'analyse des sites différentiels a identifié nad5, cox1 et nad4 comme des marqueurs moléculaires idéaux pour une identification rapide des espèces d'Apistogramma en raison d'une plus grande proportion de sites variables. L'analyse phylogénétique a révélé qu'Apistogramma forme un clade monophylétique fortement soutenu (BP = 100, PP = 1,00), au sein duquel A. nijsseni s'est regroupé avec A. baenschi et A. cacatuoides avec A. agassizii. Ces relations phylogénétiques internes sont cohérentes avec les distances génétiques calculées et les groupements morphologiques antérieurs. Ces résultats fournissent une base théorique importante et un support de données pour une identification rapide des espèces, la recherche sur l'évolution génétique et l'estimation du temps de divergence au sein d'Apistogramma.