RNA-seq : Une évaluation de la reproductibilité technique et une comparaison avec les matrices d'expression génique

Le séquençage ultrarapide émerge comme une alternative attrayante aux microarrays pour le génotypage, l'analyse des motifs de méthylation et l'identification des sites de liaison des facteurs de transcription. Ici, nous décrivons une application de la plateforme de séquençage Illumina (anciennement séquençage Solexa) pour étudier les niveaux d'expression des ARNm. Nos objectifs étaient d'estimer la variance technique associée au séquençage Illumina dans ce contexte et de comparer sa capacité à identifier les gènes différemment exprimés avec les technologies de matrices existantes. Pour ce faire, nous avons estimé les différences d'expression génique entre des échantillons d'ARN de foie et de rein en utilisant plusieurs réplicats de séquençage, et avons comparé les données de séquençage aux résultats obtenus à partir des matrices Affymetrix en utilisant les mêmes échantillons d'ARN. Nous constatons que les données de séquençage Illumina sont hautement reproductibles, avec relativement peu de variation technique, et donc, pour de nombreux objectifs, il peut suffire de séquencer chaque échantillon d'ARNm une seule fois (c'est-à-dire en utilisant une seule voie). Les informations dans une seule voie de données de séquençage Illumina semblent comparables à celles d'une seule matrice pour permettre l'identification des gènes différemment exprimés, tout en permettant des analyses supplémentaires telles que la détection de gènes à faible expression, de variantes d'épissage alternatives et de nouveaux transcrits. Sur la base de nos observations, nous proposons un protocole empirique et un cadre statistique pour l'analyse de l'expression génique utilisant la technologie de séquençage ultrarapide.