Identification d'extensions N-terminales non initiées par AUG, évolutivement conservées, dans les séquences codantes humaines

Chez les eucaryotes, on suppose généralement que l'initiation de la traduction se produit au codon AUG le plus proche de la coiffe 5' de l'ARNm. Cependant, dans certains cas, l'initiation peut se produire à des codons différents de l'AUG par un seul nucléotide, notamment les codons CUG, UUG, GUG, ACG, AUA et AUU. Bien que l'initiation non-AUG ait été expérimentalement vérifiée pour une poignée de gènes humains, l'étendue complète de ce phénomène -- tant pour une capacité de codage accrue que, potentiellement, pour de nouveaux mécanismes régulateurs -- reste floue. Pour aborder cette question, et donc pour améliorer la qualité des annotations de séquences codantes existantes, nous avons développé une méthodologie basée sur l'analyse phylogénétique des régions non traduites 5' prédites de gènes orthologues. Nous utilisons des signatures évolutives de séquences codantes de protéines comme indicateur de l'initiation de la traduction en amont des séquences codantes annotées. Notre recherche a identifié de nouvelles extensions N-terminales potentielles, conservées et non initiées par AUG dans 42 gènes humains, y compris VANGL2, FGFR1, KCNN4, TRPV6, HDGF, CITED2, EIF4G3 et NTF3, et a également confirmé la conservation d'extensions non initiées par AUG connues dans 17 autres gènes. Dans plusieurs cas, nous avons pu obtenir des preuves expérimentales indépendantes de l'expression de produits non initiés par AUG à partir de la littérature publiée précédemment et des données de profilage des ribosomes.