Profilage des sous-types 1a/1b des inhibiteurs de polymérase non nucléosidiques du virus de l'hépatite C

La polymérase ARN-dépendante (NS5B) du virus de l'hépatite C (HCV) est une cible particulièrement attrayante pour la découverte de médicaments, car elle contient cinq sites distincts pouvant être ciblés par des médicaments. Le succès des nouvelles thérapies antivirales nécessitera que les inhibiteurs non nucléosidiques soient actifs chez au moins les patients infectés par le HCV des sous-types 1a et 1b. Par conséquent, l'évaluation génotypique de ces agents contre des isolats cliniques dérivés de patients infectés par le génotype 1 est un prérequis important pour la sélection de candidats appropriés pour le développement clinique. Ici, nous rapportons le profilage des sous-types 1a/1b des inhibiteurs de polymérase qui se lient à chacun des quatre sites de liaison non nucléosidiques connus. Nous montrons que l'inhibition de tous les isolats cliniques testés est maintenue, sauf pour les inhibiteurs qui se lient au site de liaison palm-1. La couverture des sous-types varie selon les chimotypes au sein de cette classe d'inhibiteurs, et l'inhibition du génotype 1a s'améliore lorsque le contact hydrophobe avec la polymérase est augmenté. Nous avons étudié si le polymorphisme du site de liaison palm-1 est la seule cause de la susceptibilité réduite du sous-type 1a à l'inhibition par les 1,5-benzodiazépines en utilisant la génétique inverse, la cristallographie aux rayons X et des études de résonance plasmonique de surface. Nous avons montré que Y415F est un déterminant clé conférant une résistance au sous-type 1a, cet effet étant médié par une molécule d'eau liée à l'inhibiteur et à l'enzyme. Les études de liaison ont révélé que le mécanisme de résistance du sous-type 1a est une dissociation plus rapide de l'inhibiteur par rapport à l'enzyme.