Démêler les génomes des métagénomes : Révéler une classe non cultivée de Marine Euryarchaeota

Les écosystèmes sont façonnés par des communautés complexes de microbes majoritairement non cultivables. Les métagénomes fournissent une vue fragmentée de ces communautés, mais les fonctions des écosystèmes des principaux groupes d'organismes restent mystérieuses. Pour mieux caractériser les membres de ces communautés, nous avons développé des méthodes pour reconstruire des génomes directement à partir de métagénomes de courts-lectures appariés. Nous avons fermé un génome représentant le groupe II Euryarchaeota marin non cultivé à ce jour, assemblé de novo à partir de 1,7 % d'un métagénome séquencé à partir d'eau de mer en surface. Le génome décrit une cellule motile photo-hétérotrophe axée sur la dégradation des protéines et des lipides et clarifie l'origine de la protéorhodopsine. Il démontre également qu'une séquence appariée de haute couverture peut surmonter les difficultés d'assemblage causées par la variation inter-strains dans des communautés microbiennes complexes, permettant d'inférer les fonctions de l'écosystème pour les membres non cultivés.