L'expression différentielle et les réseaux de co-expression génique révèlent des biomarqueurs candidats de l'odeur de verrat chez les porcs non castrés

Résumé L'odeur de verrat (BV) est une odeur ou un goût désagréable observé dans la viande de porc provenant d'une proportion de verrats non castrés. La castration chirurgicale est efficace pour éviter la BV, mais les préoccupations relatives au bien-être animal ont créé un incitatif pour des alternatives telles que la sélection génomique. Afin de trouver des biomarqueurs candidats, des profils d'expression génique ont été analysés à partir de tissus de porcs non castrés regroupés par leur mérite génétique de BV. L'analyse d'expression différentielle a révélé des changements substantiels avec des changements de pli transformés en logarithme du foie et des testicules allant de −3,39 à 2,96 et de −7,51 à 3,53, respectivement. L'analyse du réseau de co-expression a révélé un module avec une corrélation de −0,27 dans le foie et trois modules avec des corrélations de 0,31, −0,44 et −0,49 dans les testicules. L'analyse de l'expression différentielle et de la co-expression a révélé des biomarqueurs candidats avec des fonctions biologiques variées : métabolisme de phase I (COQ3, COX6C, CYP2J2, CYP2B6, ACOX2) et de phase II (GSTO1, GSR, FMO3) de skatole et d'androsténone dans le foie vers la stéroïdogenèse (HSD17B7, HSD17B8, CYP27A1), régulation de la stéroïdogenèse (STARD10, CYB5R3) et signalisation GnRH (MAPK3, MAP2K2, MAP3K2) dans les testicules. Les voies sur-représentées comprenaient "Ribosome", "Exportation des protéines" et "Phosphorylation oxydative" dans le foie et "Biosynthèse des hormones stéroïdiennes" et "Jonction communicante" dans les testicules. Les travaux futurs devraient évaluer les biomarqueurs dans de grandes populations pour garantir leur utilité dans les programmes de sélection génomique.