Une méthode standardisée pour quantifier l'introgression génétique unidirectionnelle

L'introgression génétique des individus domestiqués vers leurs congénères sauvages est très préoccupante pour l'intégrité génétique et la viabilité des populations sauvages. Par conséquent, nous avons besoin d'outils pouvant être utilisés pour surveiller le flux génique unidirectionnel des populations domestiquées vers les populations sauvages. Un défi pour la quantification du flux génique unidirectionnel réside dans le fait que la population donneuse et la population réceptrice peuvent être génétiquement sous-structurées et que les sous-populations sont soumises à la dérive génétique et peuvent échanger des migrants entre elles. Nous développons une méthode standardisée pour quantifier et surveiller le flux génique des populations domestiquées vers les populations sauvages et démontrons son utilité sur le saumon atlantique d'élevage et sauvage comme espèce modèle. La difficulté liée à l'existence de plusieurs populations sauvages et d'élevage a été contournée en générant in silico un point central analytique pour le saumon d'élevage et le saumon sauvage, respectivement. Les distributions de la probabilité qu'un individu soit sauvage ont été générées à partir d'analyses individuelles des génotypes sauvages et d'élevage observés à l'aide de STRUCTURE. Nous montrons que des estimations des proportions du génome d'origine domestiquée dans une population sauvage donnée peuvent être obtenues sans disposer d'un échantillon de référence historique pour cette même population. Les principaux avantages de la méthode présentée sont la manière standardisée dont les processus génétiques au sein des populations et entre elles sont pris en compte, ainsi que les analyses individuelles fournissant des estimations pour chaque individu indépendamment des autres individus. La méthode utilise des logiciels reconnus et, tant que des marqueurs génétiques montrant des différences génétiques génériques entre populations domestiquées et sauvages sont disponibles, elle peut être appliquée à toutes les espèces présentant un flux génique unidirectionnel. Les résultats de notre méthode sont faciles à interpréter et à comprendre, et constitueront un outil puissant pour la gestion, d'autant plus qu'il n'est pas nécessaire de disposer d'un échantillon de référence sauvage historique spécifique.