Intégration du champ de force MMFF à RDKit : mise en œuvre et validation

Résumé Un champ de force polyvalent tel que MMFF94/MMFF94s, capable de traiter correctement une large gamme de structures diverses, est très précieux dans le contexte d'un toolkit de chimiométrie. Dans ce document, nous présentons une implémentation open-source de ce champ de force dans RDKit. La nouvelle fonctionnalité MMFF peut être accessible via une interface de programmation d'application (API) C++/C#/Python/Java développée selon le modèle de celle déjà disponible pour UFF dans RDKit. Notre implémentation a été entièrement validée par rapport à la suite de validation officielle fournie par les auteurs de MMFF. Toutes les énergies et les gradients ont été correctement calculés ; de plus, les types d'atomes et les constantes de force ont été correctement assignés pour les molécules 3D construites à partir de chaînes SMILES. Pour offrir une flexibilité totale, l'API disponible fournit un accès direct pour inclure/exclure des termes individuels de l'expression énergétique MMFF et pour réaliser des optimisations de géométrie contraintes. La disponibilité d'un moteur de mécanique moléculaire capable de MMFF couplé avec le reste de la fonctionnalité de RDKit et couvert par la licence BSD est attrayante pour les chercheurs opérant dans le milieu académique et industriel.