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CONTEXTE : Les interactions anormales hôte-microbe sont impliquées dans la pathogenèse des maladies inflammatoires de l'intestin. Une analyse précédente des séquences 16S rRNA des tissus intestinaux a démontré qu'un sous-ensemble d'échantillons de la maladie de Crohn (CD) et de la colite ulcéreuse (CU) présentait des compositions microbiennes intestinales altérées, caractérisées par une déplétion de Bacteroidetes et de Firmicutes (notamment des taxons Clostridium). Nous émettons l'hypothèse que les allèles de risque NOD2 et ATG16L1 pourraient être associés à ces altérations. MÉTHODES : Pour tester cette hypothèse, nous avons génotypé 178 échantillons collectés auprès de 35 patients atteints de CD, 35 de CU et 54 témoins pour les trois principaux allèles de risque NOD2 (Leu 1007fs, R702W et G908R) et l'allèle de risque ATG16L1T300A, qui avait subi une analyse précédente des séquences 16S rRNA. Nos modèles statistiques ont incorporé les variables indépendantes suivantes : 1) phénotype de la maladie (CD, CU, témoin non-IBD) ; 2) génotype composite NOD2 (NOD2(R) = au moins un allèle de risque, NOD2(NR) = pas d'allèles de risque) ; 3) génotype ATG16L1T300A (ATG16L1(R/R), ATG16L1(R/NR), ATG16L1(NR/NR)) ; 4) âge du patient au moment de la chirurgie et toutes les interactions de premier ordre. La ou les variables dépendantes étaient les fréquences relatives des taxons bactériens classés en appliquant le classificateur RDP 2.1 aux données de séquences 16S rRNA précédemment rapportées. RÉSULTATS : Le phénotype de la maladie, le génotype composite NOD2 et le génotype ATG16L1 étaient significativement associés à des changements dans les compositions microbiennes par analyse de covariance multivariée non paramétrique (MANCOVA). Les changements dans les fréquences relatives des taxons Faecalibacterium et Escherichia étaient significativement associés au phénotype de la maladie par ANCOVA non paramétrique. CONCLUSIONS : Ces résultats soutiennent le concept selon lequel le phénotype et le génotype de la maladie sont associés à des changements de composition du microbiote intestinal.
Frank et al. (Mon,) ont étudié cette question.