Liens améliorés des récepteurs de SARS-CoV-2 grâce à des réseaux d'interactions hydrogène et hydrophobes

Analyse des trajectoires dynamiques révèle que l'interface de liaison consiste en une région principalement hydrophobe et un délicat réseau de liaisons hydrogène dans le coronavirus novel de 2019. Une mutation clé d'un résidu hydrophobe dans la séquence de SARS-CoV vers Lys417 dans SARS-CoV-2 crée un pont salin à travers la région centrale de contact hydrophobe, ce qui, avec les mutations de résidus polaires, entraîne une plus grande complémentarité électrostatique que celle du complexe SARS-CoV. De plus, à la fois les effets électrostatiques et un empilement hydrophobe amélioré en raison de la suppression de quatre sur cinq résidus de proline dans une courte boucle de 12 résidus entraînent un changement de conformation vers un sillon de liaison plus incliné dans le complexe par rapport au complexe SARS-CoV. D'autre part, les contacts hydrophobes dans le complexe de l'anticorps neutralisant SARS-CoV 80R sont perturbés dans le modèle de complexe homologue SARS-CoV-2, ce qui est attribué à l'échec de la reconnaissance de SARS-CoV-2 par 80R.