Enquête in silico sur la coumarine dérivée de fenugrec et son impact potentiel sur la santé humaine

La coumarine est un phytochemical naturel trouvé principalement dans le Trigonella foenum-graecum (Fenugrec) avec divers potentiels thérapeutiques, mais les mécanismes moléculaires d'action restent incomplètement caractérisés. Cette étude a utilisé une approche computationnelle intégrée, combinant pharmacologie des réseaux, protéomique computationnelle, docking moléculaire et simulation MD pour explorer la base au niveau du réseau des effets multifonctionnels de la coumarine. En utilisant les bases de données STITCH et STRING, la coumarine a interagi directement avec dix protéines principales, à savoir CYP2A6, NPY1R, CXCR4, MTRNR2L2, S1PR2, RGS6, TAS2R38, TAS2R30, TAS2R14 et TAS2R20 liées au métabolisme des xénobiotiques, à la signalisation médiée par les GPCR, à la régulation du système immunitaire et à la perception sensorielle. L'analyse des interactions protéine-protéine a révélé un nœud étroitement connecté de protéines dépendantes des G-protéines, soulignant la prédominance des réseaux de signalisation des GPCR associés à la coumarine. La régulation coordonnée des voies métaboliques et immunitaires est également évidente dans les divers régulateurs transcriptionnels des enzymes métaboliques ainsi que des chimiokines liées au système immunitaire. L'analyse d'enrichissement des voies indique que la coumarine dérivée de fenugrec pourrait avoir des effets anti-inflammatoires, régulateurs métaboliques et neuroprotecteurs, via des effets multi-cibles. L'analyse de docking moléculaire basée sur la structure a montré des énergies de liaison préférentielles à plusieurs cibles, et le complexe CYP2A6-coumarine (-7,7 kcal/mol) a montré la plus forte liaison des divers complexes déterminés. De plus, les simulations de dynamique moléculaire (100 ns) ont validé la stabilité et la flexibilité de ce complexe, défini par des contacts persistants avec les sites actifs des résidus conservés et une faible fluctuation RMSD dans le temps. Ces résultats sont cohérents avec la probabilité biologique de la liaison prédite et mettent en évidence le rôle de CYP2A6 dans le métabolisme de la coumarine. Collectivement, ces résultats ont montré que la coumarine exprimait son activité biologique par des mécanismes polypharmacologiques au niveau du réseau plutôt que par une activité cible unique traditionnelle, informant de ses diverses propriétés pharmacologiques via le mécanisme et fournissant une base pour une validation expérimentale future.