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La quantification incomplète reste un défi persistant dans la spectrométrie de masse (MS) à acquisition indépendante de données (DIA), en particulier dans les analyses à faible apport et à cellule unique. Dans les flux de travail axés sur l'identification, les quantités de protéines manquantes ne proviennent souvent pas de l'absence réelle des peptides correspondants, mais de l'incapacité à conserver les signaux à faible abondance des ions précurseurs ou produits pour la quantification. Ici, nous présentons JUMPlion (inférence locale de la non-présence au niveau ionique), un cadre de quantification DIA qui réexamine les fichiers bruts MS pour récupérer les valeurs manquantes au niveau ionique avant la quantification des protéines. JUMPlion réextrait les signaux des ions précurseurs et produits directement des données brutes, infère des mesures au niveau ionique dans des quartiers quantitatifs locaux spécifiques aux précurseurs, et combine des signaux complémentaires des ions précurseurs et produits pour la quantification en aval. En utilisant des jeux de données de référence acquis sur plusieurs plates-formes DIA, JUMPlion a augmenté l'exhaustivité au niveau des protéines, amélioré l'exactitude des variations relatives et renforcé la détection des protéines différemment abondantes tout en maintenant de faibles taux de découverte de faux positifs dans l'abondance différentielle. Ces gains étaient les plus évidents dans des jeux de données DIA à faible apport et à cellule unique. Ensemble, ces résultats montrent que s'attaquer à l'absence au niveau ionique avant la summarisation au niveau protéique peut améliorer la quantification DIA dans divers contextes d'acquisition.
Fu et al. (Vendredi,) ont étudié cette question.