La hiérarchie CATH revisitée—divergence structurelle dans les superfamilles de domaines et continuité de l'espace de pli

Cet article explore le continuum structurel dans CATH et dans quelle mesure les superfamilles adoptent des pliages distincts. Bien que la plupart des superfamilles soient structurellement conservées, dans certaines des superfamilles les plus peuplées (4 % de toutes les superfamilles), il existe une divergence structurelle considérable. Bien que les parents partagent un pli similaire dans le noyau conservé au cours de l'évolution, des élaborations diverses de ce noyau peuvent entraîner des différences significatives dans les structures globales. En appliquant des protocoles similaires pour examiner dans quelle mesure des chevauchements structurels se produisent entre différents groupes de pliages, il semble que cet effet soit confiné à quelques architectures et soit en grande partie dû à de petits motifs super-secondaires récurrents (par exemple, motifs alphabeta, épingles à cheveux alpha). Bien que 24 % des superfamilles se chevauchent avec des superfamilles ayant des pliages différents, seulement 14 % des structures non redondantes dans CATH sont impliquées dans des chevauchements. Néanmoins, l'existence de ces chevauchements suggère que, dans certaines régions de l'espace structurel, l'univers des pliages devrait être considéré comme plus continu.