Réactivité des domaines de doigts de zinc de la protéine nucléocapside VIH-1 p7 du point de vue de la théorie de la fonctionnelle de densité

La réaction de la protéine nucléocapside du virus de l'immunodéficience humaine de type 1 (VIH-1) p7 (NCp7) avec une variété d'agents électrophiles a été étudiée par des mesures expérimentales de la décroissance de fluorescence de Trp37 et comparée à des mesures théoriques de réactivité basées sur la théorie de la fonctionnelle de densité dans le contexte du principe des acides et bases durs et mous. Des corrélations statistiquement significatives ont été trouvées entre les taux de réaction et la capacité de ces agents à fonctionner comme des électrophiles mous. Notamment, la propriété moléculaire qui a montré la plus forte corrélation était le ratio de l'électronégativité à la dureté, chi2/eta, une quantité liée à la capacité d'un électrophile à promouvoir une réaction douce (covalente). Les déterminants électroniques et stériques de la réaction ont également été explorés par l'analyse de la fonction de Fukui et l'analyse de chevauchement des orbitales de frontière en combinaison avec des méthodes de dockage protéine-ligand. Cette analyse a identifié des régions de dockage de ligand sélectives au sein des domaines de doigts de zinc conservés qui favorisaient la réaction. Le thiolate Cys49 s'est avéré être dans l'ensemble le site NCp7 le plus susceptible à l'attaque électrophile.