Assurer la compatibilité descendante : efforts de génotypage traditionnels à l'ère du séquençage de génome entier

Lors de l'utilisation du séquençage de génome entier de nouvelle génération (WGS), l'extraction des types de spa à partir des données WGS est essentielle pour garantir la compatibilité avec le génotypage de spa basé sur le séquençage Sanger de Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline (MRSA). Nous avons évalué le génotypage de spa basé sur WGS avec un protocole 2×250 bp dans une collection diversifiée de 423 isolats de MRSA en utilisant deux pipelines qui ont exécuté l'élagage de qualité de séquence et l'assemblage de novo avant le génotypage de spa. Le pipeline SeqSphere(+) a correctement typé 419 isolats (99,1 %) tandis que le pipeline CLCbio a réussi à 249 isolats (58,9 %). En résumé, le WGS combiné à un assemblage de novo optimisé permet une compatibilité presque totale avec les données de génotypage de spa basées sur le séquençage Sanger.