Méthode informatique pour prédire la structure secondaire des ARN monocaténaires

Nous présentons une méthode informatique utilisant des valeurs publiées pour les énergies d'appariement des bases afin de calculer la structure secondaire la plus énergétiquement favorable d'un ARN à partir de sa séquence nucléotidique primaire. Après avoir listé toutes les régions hélicoïdales possibles, chaque paire de régions mutuellement incompatibles (dont les nucléotides se chevauchent) est examinée pour déterminer si des parties de ces deux régions peuvent être combinées par migration de branche pour former une paire de nouvelles sous-régions compatibles qui, ensemble, sont plus stables que chacune des régions originales séparément. Ces sous-régions sont ajoutées à la liste des régions d'appariement des bases qui vont rivaliser pour former la meilleure structure globale. Ensuite, une 'matrice de hyperstructure' est générée, contenant la relation topologique unique entre chaque paire de régions. Nous avons démontré que la meilleure structure peut être choisie directement à partir de cette matrice, sans la nécessité de créer et d'examiner chaque structure secondaire possible. Nous avons inclus les résultats de notre solution du 5S rRNA du cyanobactérie Anacystis nidulans comme exemple des capacités de notre programme.