Vers une évaluation de la biodiversité de nouvelle génération utilisant le métabarcodage ADN

Pratiquement toutes les études écologiques empiriques nécessitent l'identification des espèces lors de la collecte de données. Le métabarcodage ADN fait référence à l'identification automatisée de plusieurs espèces à partir d'un seul échantillon en vrac contenant des organismes entiers ou d'un seul échantillon environnemental contenant de l'ADN dégradé (sol, eau, fèces, etc.). Il peut être appliqué tant aux échantillons environnementaux modernes qu'anciens. La disponibilité des plateformes de séquençage de nouvelle génération et le besoin des écologistes pour une identification des taxons à haut débit ont facilité l'émergence du métabarcodage ADN. Le pouvoir potentiel du métabarcodage ADN tel qu'il est mis en œuvre aujourd'hui est principalement limité par sa dépendance à la PCR et par l'investissement considérable nécessaire pour construire des bibliothèques de référence taxonomiques complètes. De nouveaux développements associés aux progrès impressionnants du séquençage ADN élimineront l'étape d'amplification de l'ADN actuellement requise, et des bibliothèques de référence taxonomiques complètes composées de génomes organellaires entiers et d'ADN nucléaire ribosomal répétitif pourront être construites sur la base des collections d'extraits d'ADN bien gérées par des initiatives de marquage standardisées. L'avenir à court terme du métabarcodage ADN a un potentiel énorme pour stimuler l'acquisition de données dans la recherche sur la biodiversité.