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Des approches de séquençage direct en phase solide de l'ADN génomique et plasmidique ont été développées en utilisant des billes magnétiques, recouvertes de streptavidine, comme support solide. L'ADN est immobilisé par incorporation sélective de biotine dans l'un des brins. Un modèle simple brin, adapté au séquençage, est obtenu par élution spécifique des brins. En utilisant ce concept, l'ADN plasmidique amplifié in vitro et l'ADN chromosomique ont été séquencés directement à partir de colonies uniques. L'approche en phase solide garantit que les réactions d'amplification et de séquençage peuvent être réalisées dans des conditions optimales. Le système s'est avéré adapté au séquençage en utilisant à la fois des amorces marquées à l'isotope et fluorescentes.
Hultman et al. (Sun,) ont étudié cette question.