Comparaison des taux d'erreur pendant la réaction en chaîne par polymérase par ADN polymérase

À mesure que les projets de clonage à plus grande échelle deviennent plus courants, le besoin de comparaisons entre les ADN polymérases à haute fidélité utilisées pour l'amplification par PCR augmente. Toutes les polymérases commercialisées pour des applications PCR sont testées pour leurs propriétés de fidélité (c'est-à-dire, la détermination du taux d'erreur) par les fournisseurs, et de nombreux rapports dans la littérature ont abordé la fidélité des enzymes PCR. Néanmoins, il est souvent difficile de faire des comparaisons directes entre différentes enzymes en raison de nombreuses différences méthodologiques et analytiques d'une étude à l'autre. Nous avons mesuré les taux d'erreur pour 6 ADN polymérases couramment utilisées dans les applications PCR, y compris 3 polymérases généralement utilisées pour des applications de clonage nécessitant une haute fidélité. Les valeurs mesurées du taux d'erreur rapportées ici ont été obtenues par séquençage direct des produits PCR clonés. La stratégie employée ici permet d'interroger le taux d'erreur à travers un très grand espace de séquence d'ADN, puisque 94 cibles d'ADN uniques ont été utilisées comme modèles pour le clonage PCR. Les six enzymes incluses dans l'étude, Taq polymérase, AccuPrime-Taq Haute Fidélité, KOD Hot Start, Pfu polymérase clonée, Phusion Hot Start et Pwo polymérase, montrent que Pfu, Phusion et Pwo polymérases présentent les taux d'erreur les plus bas. Les taux d'erreur sont comparables pour ces 3 enzymes et sont >10x inférieurs au taux d'erreur observé avec Taq polymérase. Les spectres de mutations sont rapportés, les 3 enzymes à haute fidélité affichant des types de mutations globalement similaires. Pour ces enzymes, les mutations de transition prédominent, peu de biais étant observé pour le type de transition.