Conception et validation d’un essai basé sur les SNP pour détecter l’introgression de Juglans ailantifolia dans les populations ou collections vivantes de Juglans cinerea

Résumé Le butternut (Juglans cinerea L.) est une espèce d’arbre en déclin rapide, menacée par Ophiognomonia clavigignenti-juglandacearum (Oc-j), l'agent causal de l’ail des ours. L’introduction de la noix japonaise (Juglans ailantifolia Carrière), qui s’hybride avec le butternut et présente une plus grande résistance à la maladie, représente à la fois un défi pour la conservation et une voie potentielle pour l'amélioration génétique. Identifier les butternuts non admis est crucial pour les efforts de conservation et les programmes de reproduction visant à préserver l'intégrité génétique de l'espèce tout en explorant les stratégies de résistance. Cependant, l'identification morphologique des hybrides de première génération et des hybrides avancés est peu fiable, nécessitant le développement d'outils de détection efficaces. Dans cette étude, nous avons développé et validé un outil de génotypage SNP rentable et à haut débit utilisant la plateforme MassARRAY pour distinguer J. cinerea, J. ailantifolia et leurs hybrides. Le panel est composé de 28 SNP nucléaires et de deux SNP chloroplastiques, et démontre une forte concordance avec les résultats de génotypage par séquençage (GBS) utilisant près de 12 000 SNP (R² = 0,98), indiquant une grande précision prédictive. Le test sur le terrain de cet outil de génotypage sur 1 269 arbres provenant de peuplements naturels et de programmes de reproduction au Canada et aux États-Unis a révélé une hybridation substantielle, en particulier dans les plantations américaines, où les hybrides constituaient jusqu'à 18 % des arbres testés. L'analyse chloroplastique a confirmé des motifs d'hybridation asymétriques, avec J. ailantifolia agissant principalement en tant que parent maternel. Ce panel SNP fournit un outil précieux pour les applications de conservation, de reproduction et de réglementation en permettant une identification rapide et précise des hybrides. Sa mise en œuvre aidera à guider les stratégies de récupération pour le butternut, garantissant que les efforts de conservation soient informés par des données génétiques précises.