Une galaxie de ressources en informatique pour la protéomique basée sur la MS

INTRODUCTION : Les avancées continues dans les technologies de spectrométrie de masse (MS) ont permis une caractérisation du protéome plus approfondie et plus reproductible, ainsi qu'une meilleure compréhension des systèmes biologiques lorsqu'elles sont intégrées à d'autres données 'omiques. Des ressources bioinformatiques répondant aux exigences d'analyse de données protéomiques de plus en plus complexes basées sur la MS et de données multi-omiques associées sont crucialement nécessaires. Ces exigences incluent la disponibilité de logiciels capables de couvrir divers types d'analyses, une évolutivité pour des applications à grande échelle et intensives en calcul, et des mécanismes pour faciliter l'adoption de ces logiciels. DOMAINES COUVERTS : L'écosystème Galaxy répond à ces exigences en offrant une multitude d'outils open-source pour les analyses et applications de protéomique basée sur la MS, le tout dans un environnement informatique adaptable, évolutif et accessible. Une communauté mondiale florissante maintient ces logiciels et les ressources de formation associées pour permettre des analyses pilotées par les chercheurs. OPINION D'EXPERT : L'écosystème Galaxy soutenu par la communauté reste un contributeur crucial aux études biologiques et cliniques fondamentales utilisant la protéomique basée sur la MS. En plus de l'état actuel des ressources basées sur Galaxy, nous décrivons les développements en cours pour répondre aux défis émergents de l'informatique protéomique basée sur la MS. Nous espérons que cette revue incitera à une utilisation accrue de Galaxy par les chercheurs utilisant la protéomique basée sur la MS et inspirera les développeurs de logiciels à rejoindre la communauté et à mettre en œuvre de nouveaux outils, flux de travail et contenus de formation associés qui ajouteront encore plus de valeur à cet écosystème déjà riche.