Les souches de coronavirus félin de type II 79-1683 et 79-1146 proviennent d'une double recombinaison entre le coronavirus félin de type I et le coronavirus canin.

Des preuves récentes suggèrent que les souches de coronavirus félin de type II (FCoV) 79-1146 et 79-1683 ont émergé d'un événement de recombinaison homologue de l'ARN entre le FCoV de type I et le coronavirus canin (CCV). Dans les deux cas, il semble que le changement de modèle a eu lieu entre les gènes S et M, donnant lieu à des virus recombinants qui codent pour une protéine S semblable à celle du CCV et pour les protéines M, N, 7a, et 7b du FCoV de type I (K. Motowaka, T. Hohdatsu, H. Hashimoto, et H. Koyama, Microbiol. Immunol. 40:425-433, 1996; H. Vennema, A. Poland, K. Floyd Hawkins, et N. C. Pedersen, Feline Pract. 23:40-44, 1995). Dans la présente étude, nous avons recherché des sites supplémentaires de recombinaison FCoV-CCV. Quatre régions dans le gène pol ont été sélectionnées pour une analyse comparative des séquences des souches de FCoV de type II 79-1683 et 79-1146, des souches de FCoV de type I TN406 et UCD1, de la souche CCV K378, et de la souche TGEV Purdue. Nos données montrent que les FCoV de type II sont issus d'événements de double recombinaison : des sites de crossover supplémentaires ont été cartographiés dans la région de décalage de cadre ORF1ab de la souche 79-1683 et dans la moitié 5' de l'ORF1b de la souche 79-1146.