Diversité et nouvelles lignées de levures noires dans les Chaetothyriales provenant des sédiments d'eau douce en Espagne

Les levures noires constituent un groupe d'Ascomycota de l'ordre des Chaetothyriales avec une morphologie hautement variable, une grande diversité de niches écologiques et de cycles de vie. Malgré l'ubiquité de ces champignons, leur diversité dans les sédiments d'eau douce est encore mal comprise. Au cours d'une enquête sur les Ascomycota cultivables provenant de sédiments de rivières et de ruisseaux dans divers sites d'échantillonnage en Espagne, nous avons obtenu 47 isolats de levures noires en utilisant de l'agar de dextrose de pomme de terre supplémenté avec de la cycloheximide. Une étude morphologique préliminaire et des analyses de séquence de la région intercalée transcrite (ITS) et de la grande sous-unité (LSU) de l'ADN nucléaire révélèrent que la plupart des isolats appartenaient à la famille des Herpotrichiellaceae. Nous avons identifié avec confiance 30 isolats représentant les espèces suivantes : Capronia pulcherrima, Cladophialophora emmonsii, Exophiala equina, Exophiala pisciphila, Exophiala radicis et Phialophora americana. Cependant, nous avons rencontré des difficultés à assigner 17 cultures à une espèce connue au sein des Chaetothyriales. En combinant des analyses phylogénétiques phénotypiques et multi-locus basées sur les marqueurs génétiques ITS, LSU, β-tubuline (tub 2) et facteur d'élongation de traduction 1-α (tef 1-α), nous proposons le nouveau genre Aciculomyces dans les Herpotrichiellaceae pour accueillir l'espèce nouvelle Aciculomyces restrictus. D'autres espèces nouvelles de cette famille incluent Cladophialophora denticulata, Cladophialophora heterospora, Cladophialophora irregularis, Exophiala candelabrata, Exophiala dehoogii, Exophiala ramosa, Exophiala verticillata et Phialophora submersa. La nouvelle espèce Cyphellophora spiralis, étroitement liée à Cyphellophora suttonii, est décrite, et la phylogénie du genre Anthopsis dans la famille des Cyphellophoraceae est discutée. En utilisant ces quatre marqueurs, nous avons pu renforcer la résolution phylogénétique et fournir des évaluations taxonomiques plus robustes au sein du groupe étudié. Nos résultats indiquent que les sédiments d'eau douce peuvent servir de réservoir pour des levures noires intrigantes, qui méritent une investigation plus approfondie pour combler les lacunes dans les relations phylogénétiques, en particulier au sein des Herpotrichiellaceae.