Lookup Peaks : Une hybride de séquençage de novo et de recherche dans une base de données pour l'identification des protéines par spectrométrie de masse en tandem

Une technique puissante pour l'identification des peptides et des protéines est la spectrométrie de masse en tandem suivie d'une recherche dans une base de données utilisant un programme tel que SEQUEST ou Mascot. Cependant, ces programmes deviennent lents et perdent en sensibilité lorsqu'ils autorisent des clivages non spécifiques ou des modifications de peptides. Le séquençage de novo et les méthodes hybrides telles que le marquage de séquence offrent rapidité et robustesse pour des recherches plus larges, mais ces approches nécessitent de meilleurs spectres avec une fragmentation plus complète et consécutive et, par conséquent, sont moins sensibles aux peptides de faible abondance. Ici, nous décrivons une nouvelle méthode hybride qui conserve la sensibilité de la recherche pure en base de données. La méthode utilise une petite quantité d'analyse de novo pour identifier les pics d'ions b et y probables – "lookup peaks" – qui peuvent ensuite être utilisés pour extraire des peptides candidats de la base de données, le nombre de candidats étant ajustable pour s'adapter à un budget informatique. Nous décrivons un programme appelé ByOnic qui met en œuvre cette méthode, et nous avons évalué ByOnic sur plusieurs ensembles de données, y compris un échantillon de plasma sanguin de souris spiqué avec de faibles concentrations de protéines humaines recombinantes. Nous démontrons que ByOnic est plus sensible que le marquage de séquence et, en effet, plus sensible que les trois outils d'analyse de base de données pures les plus populaires – SEQUEST, Mascot et X!Tandem – tant au niveau des peptides que des protéines. Sur les échantillons de plasma de souris, ByOnic a constamment trouvé des protéines spiquées que les autres outils ont manquées.