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Les virus sont des composants intégrants de tous les écosystèmes et microbiomes sur Terre. Grâce à des infections omniprésentes de leurs hôtes cellulaires, les virus peuvent remodeler la structure des communautés microbiennes et déclencher le cycle des nutriments à l'échelle mondiale. Au cours de la dernière décennie, les séquences virales identifiées à partir de génomes et de métagénomes ont fourni une vue sans précédent de la diversité des génomes viraux dans la nature. Depuis 2016, la base de données IMG/VR a fourni un accès à la plus grande collection de séquences virales obtenues à partir de (méta) génomes. Ici, nous présentons la troisième version d'IMG/VR, composée de 18 373 génomes viraux cultivés et de 2 314 329 génomes viraux non cultivés (UViGs), presque triplant le nombre total de séquences par rapport à la version précédente. Ceux-ci se sont regroupés en 935 362 Unités Taxonomiques Opérationnelles virales (vOTUs), dont 188 930 avec deux membres ou plus. Les UViGs dans IMG/VR sont maintenant rapportés sous forme de contigs viraux uniques, de provirus intégrés ou de conteneurs de génomes, et sont annotés avec un nouveau pipeline standardisé incluant une estimation de la qualité du génome utilisant CheckV, une classification taxonomique reflétant la dernière mise à jour de l'ICTV et une prédiction de la taxonomie des hôtes élargie. La nouvelle interface IMG/VR permet aux utilisateurs de naviguer, rechercher et sélectionner efficacement des UViGs en fonction des caractéristiques du génome et/ou de la similitude des séquences. IMG/VR v3 est disponible à l'adresse https://img.jgi.doe.gov/vr, et les données sous-jacentes sont disponibles en téléchargement à l'adresse https://genome.jgi.doe.gov/portal/IMGVR.
Roux et al. (Ven,) ont étudié cette question.