Fréquence des SNP, structure des haplotypes et déséquilibre de liaison dans des lignées de maïs inbred d'élite

CONTEXTE : Des études récentes sur les populations de maïs ancestrales indiquent que le déséquilibre de liaison tend à se dissiper rapidement, parfois en moins de 100 pb. Nous avons cherché à examiner le déséquilibre de liaison et la diversité dans les lignées de maïs inbred d'élite, qui ont été soumises à des goulets d'étranglement de population et à une sélection intense par les éleveurs. De tels événements populationnels sont censés augmenter la quantité de déséquilibre de liaison, mais réduire la diversité. Les résultats de cette étude informeront la conception des études d'association génétique. RÉSULTATS : Nous avons examiné la fréquence et la distribution des polymorphismes de l'ADN à 18 gènes de maïs dans 36 lignées de maïs inbred, choisies pour représenter la majorité de la diversité génétique dans le pool de reproduction élite de maïs américain. La fréquence des changements de nucléotides est élevée, en moyenne un polymorphisme par 31 pb dans les régions non codantes et un polymorphisme par 124 pb dans les régions codantes. Les insertions et les délétions sont fréquentes dans les régions non codantes (1 par 85 pb), mais rares dans les régions codantes. Un petit nombre (2-8) d'haplotypes distincts et hautement diversifiés peuvent être distingués à tous les loci examinés. Au sein des gènes, les loci SNP comprenant les haplotypes sont en déséquilibre de liaison les uns avec les autres. CONCLUSIONS : Aucun déclin du déséquilibre de liaison dans quelques centaines de paires de bases n'a été trouvé dans le germoplasme de maïs d'élite. Cette découverte, ainsi que le petit nombre d'haplotypes, par rapport à l'attente neutre, est cohérente avec les effets des goulets d'étranglement induits par l'élevage et de la sélection sur le pool de germoplasme élite. La distance génétique entre les haplotypes est grande, indicatrice d'un ancien pool génétique et d'éventuels événements d'hybridation interspécifique dans l'ascendance du maïs.