Suivi de la propagation des variants du SARS-CoV-2 (Coronaviridae : Coronavirinae : Betacoronavirus ; Sarbecovirus) dans la région de Moscou en utilisant le séquençage haut débit ciblé.

INTRODUCTION : Depuis le déclenchement de la pandémie de COVID-19 causée par le nouveau coronavirus SARS-CoV-2, la communauté internationale s'inquiète de l'émergence de mutations modifiant certaines propriétés biologiques de l'agent pathogène, comme l'augmentation de son infectiosité ou de sa virulence. En particulier, depuis fin 2020, plusieurs variants préoccupants ont été identifiés dans le monde, notamment Alpha (B.1.1.7), Beta (B.1.351), Gamma (P.1) et Delta (B.1.617.2). Cependant, le mécanisme actuel de détection des mutations importantes n'est pas toujours suffisamment efficace, car seule une partie relativement petite de tous les échantillons de pathogènes peut être examinée par séquençage du génome entier en raison de son coût élevé. MATÉRIAUX ET MÉTHODES : Dans cette étude, nous avons conçu un panneau d'amorces spécial et l'avons utilisé pour le séquençage haut débit ciblé de plusieurs régions significatives du gène S (spike) de SARS-CoV-2. La plateforme Illumina a moyenné environ 50 000 lectures en paires avec une longueur de ≥150 pb par échantillon. Cette méthode a été utilisée pour examiner 579 échantillons aléatoires obtenus auprès de patients atteints de COVID-19 à Moscou et dans la région de Moscou de février à juin 2021. RÉSULTATS : Cette étude a démontré la dynamique de distribution de plusieurs souches de SARS-CoV-2 et de certaines de ses mutations uniques. Il a été constaté que la souche Delta est apparue dans la région en mai 2021 et est devenue prévalente en juin, déplaçant partiellement d'autres souches. DISCUSSION : Les résultats obtenus offrent la possibilité d'assigner les échantillons viraux à l'une des souches, y compris la méthode mentionnée précédemment, de manière temporelle et rentable. L'approche peut être utilisée pour standardiser la procédure de recherche de mutations dans des régions individuelles du génome de SARS-CoV-2. Elle permet d'obtenir des données plus détaillées sur la situation épidémiologique dans une région.