Cartographie de vraisemblance : Une méthode simple pour visualiser le contenu phylogénétique d'un alignement de séquences

Nous introduisons une méthode graphique, la cartographie de vraisemblance, pour visualiser le contenu phylogénétique d'un ensemble de séquences alignées. La méthode est basée sur une analyse des vraisemblances maximales pour les trois topologies d'arbres complètement résolues qui peuvent être calculées pour quatre séquences. Les trois vraisemblances sont représentées comme un point à l'intérieur d'un triangle équilatéral. Le triangle est partitionné en différentes régions. Une région représente l'évolution en étoile, trois régions représentent une phylogénie bien résolue, et trois régions reflètent la situation où il est difficile de distinguer entre deux des trois arbres. La position des vraisemblances dans le triangle définit le mode d'évolution des séquences. Si n séquences sont analysées, alors les vraisemblances de chaque sous-ensemble de quatre séquences sont cartographiées sur le triangle. La distribution résultante des points montre si les données sont adaptées à une reconstruction phylogénétique ou non.