Illuminer l'uvéite : le séquençage métagénomique profond identifie des agents pathogènes communs et rares

CONTEXTE : Les infections oculaires demeurent une cause majeure de cécité et de morbidité dans le monde. Alors que le pronostic dépend du moment et de l'exactitude du diagnostic, l'étiologie reste insaisissable dans environ 50 % des cas présumés d'uvéite infectieuse. L'objectif de cette étude est de déterminer si le séquençage métagénomique profond (MDS) non biaisé peut détecter avec précision des agents pathogènes dans des échantillons de liquide intraoculaire de patients atteints d'uvéite. MÉTHODES : Il s'agit d'une étude de preuve de concept, dans laquelle des échantillons de liquide intraoculaire ont été obtenus auprès de cinq sujets avec des diagnostics connus, et d'un sujet avec une uvéite chronique bilatérale sans étiologie connue. Les échantillons ont été soumis à un MDS, et les résultats ont été comparés à ceux des tests diagnostiques conventionnels. Les agents pathogènes ont été identifiés à l'aide d'un pipeline informatique rapide pour analyser les séquences non hôtes obtenues par MDS. RÉSULTATS : Le MDS non biaisé du liquide intraoculaire a produit des résultats concordants avec les diagnostics connus chez des sujets avec (n = 4) et sans (n = 1) uvéite. Les échantillons positifs pour Cryptococcus neoformans, Toxoplasma gondii et le virus de l'herpès simplex 1, testés par un laboratoire certifié par les Clinical Laboratory Improvement Amendments, ont été correctement identifiés avec le MDS. Le virus de la rubéole a été identifié dans un cas d'uvéite chronique bilatérale idiopathique. La souche du sujet était le plus étroitement liée à une souche de virus de la rubéole allemande isolée en 1992, un an avant qu'il ne développe de la fièvre et une éruption cutanée alors qu'il vivait en Allemagne. Le motif et le nombre de mutations virales identifiées présentes dans la souche du patient étaient compatibles avec une réplication virale à long terme dans l'œil. CONCLUSIONS : Le MDS peut identifier des champignons, des parasites, ainsi que des virus à ADN et à ARN dans de petites quantités d'échantillons de liquide intraoculaire. L'identification d'une infection chronique par le virus de la rubéole intraoculaire met en évidence le rôle de l'œil en tant que réservoir de pathogènes à long terme, ce qui a des implications pour l'éradication du virus et les épidémies mondiales émergentes.