Biopipe : Un cadre flexible pour l'analyse bioinformatique basée sur des protocoles

Nous identifions plusieurs défis auxquels est confrontée l'analyse bioinformatique aujourd'hui. Premièrement, pour réaliser la promesse des études comparatives, l'analyse bioinformatique devra accueillir différentes sources de données résidant dans une fédération de bases de données qui, à leur tour, se présentent sous différents formats et modes d'accessibilité. Deuxièmement, le tsunami de données à gérer nécessitera des systèmes robustes permettant que l'analyse bioinformatique soit réalisée de manière parallèle. Troisièmement, l'état en constante évolution de la bioinformatique présente de nouveaux algorithmes et paradigmes pour réaliser l'analyse. Cela signifie que tout cadre bioinformatique doit être suffisamment flexible et générique pour accueillir de tels changements. De plus, nous identifions la nécessité d'introduire une approche explicite basée sur des protocoles pour l'analyse bioinformatique qui apportera de la rigueur à l'analyse. Cela facilitera l'expérimentation et la réplication des résultats par des parties externes. Biopipe est conçu dans le but d'atteindre ces objectifs. Il vise à permettre aux chercheurs de se concentrer sur la conception de protocoles. En même temps, il est conçu pour fonctionner sur une ferme de calcul, offrant ainsi une performance à haut débit. Un format d'échange commun qui encapsule l'intégralité du protocole en termes de modules d'analyse, de paramètres et de versions de données a été développé pour fournir un puissant moyen de distribuer et de reproduire des résultats. Cela permettra aux chercheurs de mieux discuter et interpréter les données, car les hypothèses implicitement formulées sont désormais explicitement définies dans le cadre de Biopipe.