Les éléments transposables polymorphes contribuent à la variation des paysages de recombinaison

La recombinaison méiotique est une force majeure façonnant l'évolution du génome, et comprendre pourquoi les taux de recombinaison varient au sein et entre les espèces demeure une question centrale, bien que difficile. On pense largement que la variation de la recombinaison influence l'efficacité de la sélection dans l'élimination des éléments transposables (ETs), des éléments génétiques égoïstes prévalents, entraînant des corrélations négatives largement observées entre l'abondance des ETs et les taux de recombinaison à travers les taxons. Cependant, des preuves de plus en plus nombreuses suggèrent que les ETs pourraient plutôt être la cause plutôt que la conséquence de cette relation. Pour tester cette prédiction, nous avons formellement étudié l'influence des ETs polymorphes, supposément actifs, sur les taux de recombinaison. Nous avons développé et évalué une approche utilisant le séquençage à lecture longue PacBio pour identifier efficacement, précisément et de manière rentable les croisements (COs), un produit clé de la recombinaison, parmi un grand nombre d'individus recombinants en pool. En appliquant cette approche à des souches de Drosophila avec des profils d'insertion d'ET distincts, nous avons découvert que les ETs polymorphes, en particulier les ETs à base d'ARN et les ETs avec enrichissement local de marques répressives, réduisent l'occurrence des COs. Un tel effet conduit à des fréquences de CO différentes entre des séquences homologues avec et sans ETs, contribuant à des cartes de CO variables entre les individus. L'effet suppressif des ETs sur les CO est encore soutenu par deux approches orthogonales : l'analyse des distributions de CO dans des panneaux de lignées inbred recombinantes par rapport au polymorphisme des ETs et l'application d'estimations assistées par marqueurs des fréquences de CO sur des souches isolées avec et sans ETs insérés de manière transgénique. Nos investigations révèlent comment le paysage des ETs, en constante évolution, peut modifier activement la recombinaison, façonnant l'évolution du génome au sein et entre les espèces.