Cartographie des promoteurs actifs par le profilage ChIP-seq de H3K4me3 chez les poissons cichlidés – une première étape pour découvrir les éléments cis-régulateurs chez des téléostéens modèles écologiques

Les modifications évolutives des séquences cis-régulatrices sont susceptibles de provoquer une complexité phénotypique adaptative, en orchestrant des changements dans la prolifération cellulaire, l'identité et la communication. Pour les organismes non modélisés ayant des innovations clés adaptatives, les schémas de l'évolution régulatrice ont été principalement limités à des analyses séquentielles ciblées. La chromatine immunoprécipitation avec séquençage à haut débit (ChIP-seq) est une technologie qui a été principalement utilisée dans des systèmes modèles génétiques et constitue un outil expérimental puissant pour dépister les éléments cis-régulateurs actifs. Ici, nous montrons qu'elle peut également être utilisée dans des systèmes modèles écologiques et permet l'exploration fonctionnelle à l'échelle du génome des éléments cis-régulateurs. Comme preuve de concept, nous utilisons la technologie ChIP-seq dans des tissus de nageoire d'adulte du poisson cichlidé Oreochromis niloticus pour cartographier les éléments promoteurs actifs, comme l’indique l'occupation de l'histone H3 lysine 4 triméthylée (H3K4me3). Le fait que les cichlidés soient l'une des familles de vertébrés les plus diverses sur le plan phénotypique et riches en espèces pourrait en faire un système modèle parfait pour une analyse plus approfondie de l'évolution de la régulation transcriptionnelle.