Biote bactérienne dans l'œsophage distal humain

L'œsophage, comme d'autres organes luminal du système digestif, constitue un environnement potentiel pour la colonisation bactérienne, mais peu de choses sont connues sur la présence d'une biote bactérienne ou sa nature. En utilisant la PCR 16S rDNA à large spectre, des biopsies ont été examinées à partir de l'œsophage normal de quatre adultes humains. Les 900 produits PCR clonés ont représenté 833 séquences uniques appartenant à 41 genres, ou 95 unités taxonomiques opérationnelles au niveau des espèces (SLOTU) ; 59 SLOTU étaient homologues à des espèces bactériennes définies par culture, 34 avec des clones 16S rDNA, et deux n'étaient homologues à aucune 16S rDNA bactérienne connue. Des membres de six phylums, Firmicutes, Bacteroides, Actinobacteria, Proteobacteria, Fusobacteria et TM7, étaient représentés. Une grande majorité des clones appartient à 13 des 41 genres (783/900, 87%), ou 14 SLOTU (574/900, 64%) qui étaient partagés par les quatre personnes. Streptococcus (39%), Prevotella (17%) et Veilonella (14%) étaient les plus prévalents. La présente étude a identifié environ 56-79% de SLOTU dans cet écosystème bactérien. La plupart des SLOTU de la biote œsophagienne sont similaires ou identiques aux résidents de la biote orale en amont, mais la distinction majeure est qu'une grande majorité (82%) des bactéries œsophagiennes sont connues et cultivables. Ces résultats fournissent des preuves d'une population bactérienne complexe mais conservée dans l'œsophage distal normal.