Estimation des temps de divergence pour les lignées majeures des espèces de primates

Bien que les relations phylogénétiques des lignées majeures des espèces de primates soient relativement bien établies, les temps de divergence de ces lignées, tels qu'estimés par les données moléculaires, restent encore controversés. Cette controverse a été générée en partie parce que différents auteurs ont utilisé différents types de données moléculaires, différentes méthodes statistiques et différents points de calibration. Nous avons donc examiné les effets de ces facteurs sur les estimations des temps de divergence et avons atteint les conclusions suivantes : (1) Il est conseillé de concaténer de nombreuses séquences génétiques et d'utiliser une distance gamma multigène pour estimer les temps de divergence plutôt que d'utiliser l'approche par gène individuel. (2) Lorsque des données de séquence provenant de nombreux gènes nucléaires sont disponibles, les séquences protéiques semblent donner des estimations plus robustes que les séquences d'ADN. (3) Les protéines nucléaires sont généralement plus adaptées que les protéines mitochondriales pour l'estimation du temps. (4) Il est important de d'abord construire un arbre phylogénétique pour un groupe d'espèces en utilisant quelques groupes externes, puis d'estimer les longueurs des branches. (5) Il semble préférable d'utiliser quelques points de calibration fiables plutôt que de nombreux points non fiables. En prenant en compte tous ces facteurs et en utilisant deux points de calibration, nous avons estimé que la lignée humaine a divergé des lignées de chimpanzé, de gorille, d'orang-outan, de singe de l'Ancien Monde et de singe du Nouveau Monde environ 6 MYA (avec une plage de 5-7), 7 MYA (plage de 6-8), 13 MYA (plage de 12-15), 23 MYA (plage de 21-25) et 33 MYA (plage de 32-36).