De la régulation génétique spécifique aux réseaux génomiques : une analyse globale de la régulation transcriptionnelle chez Escherichia coli

Étant donné qu'un grand nombre de mécanismes moléculaires impliqués dans la régulation génique ont été décrits au cours des dernières décennies, il devient maintenant possible d'aborder des questions concernant la structure globale des réseaux de régulation génique, du moins dans le cas de certains des organismes les mieux caractérisés. Cet article présente une caractérisation globale de la régulation transcriptionnelle chez Escherichia coli sur la base des données actuelles. La connectivité du réseau correspondant a été évaluée en analysant la distribution du nombre de gènes régulés par une protéine régulatrice donnée et la distribution du nombre de gènes régulateurs régulant un gène régulé donné. La connectivité moyenne trouvée (entre 2 et 3) montre une structure plutôt lâchement interconnectée. Une attention particulière est accordée aux séquences circulaires d'interactions (« circuits ») en raison de leurs propriétés dynamiques critiques. Des circuits à un élément ont été trouvés, dans lesquels l'autorégulation négative est l'architecture dominante. Ces propriétés globales sont discutées à la lumière de plusieurs approches théoriques pertinentes, ainsi qu'en termes de considérations physiologiques et évolutives.