Les génomes de la courge cireuse offrent des aperçus de la diversité génétique et du caryotype ancestral des cucurbitacées

La famille botanique des Cucurbitaceae comprend une variété de cultures fruitières d'importance économique mondiale ou locale. La manière dont leurs génomes évoluent et les bases génétiques de la diversité restent largement inexplorées. Dans cette étude, nous séquençons le génome de la courge cireuse (Benincasa hispida), qui porte des fruits géants atteignant jusqu'à 80 cm de longueur et pesant plus de 20 kg. Des analyses comparatives de six génomes de cucurbitacées révèlent que le génome de la courge cireuse représente le caryotype le plus ancestral, le génome ancestral prédit comportant 15 proto-chromosomes. Nous reséquençons également 146 lignées de matériels génétiques diversifiés et construisons une carte des variations comprenant 16 millions de variations. En combinant la génétique des populations et la cartographie de liaison, nous identifions un certain nombre de régions/gènes potentiellement sélectionnés au cours de la domestication et de l'amélioration, dont certains contribuent probablement à la grande taille des fruits chez la courge cireuse. Nos analyses de ces données contribuent à comprendre l'évolution et la fonction des génomes chez les cucurbitacées.