Historique de la population humaine révélé par une approche de super-arbre

Au cours des deux dernières décennies, de nombreux nouveaux arbres des populations humaines modernes ont été publiés de manière extensive, mais peu d'attention a été accordée à une synthèse phylogénétique formelle. Nous avons utilisé la méthode de "représentation matricielle avec parcimonie" (MRP) pour inférer une phylogénie composite (super-arbre) des populations humaines modernes, basée sur 257 arbres phylogénétiques génétiques/génomiques, ainsi que linguistiques, et 44 graphiques d'admixture issus de 200 études publiées (1990-2014). La topologie du super-arbre résultant inclut la position la plus basale des Khoisan d'Afrique du Sud, suivie des Pygmées d'Afrique centrale, et de la section paraphylétique de tous les autres peuples subsahariens. La section subsaharienne est basale par rapport au groupe monophylétique formé par l'assemblage nord-africain - eurasien et le super-clade oriental systématiquement monophylétique (peuples de Sahul-Océanie, d'Asie de l'Est, et béringien-américains). Cette topologie, dominée par les données génétiques, est bien résolue et robuste aux changements de paramètres, avec quelques zones instables (par exemple, l'Eurasie occidentale, Sahul-Mélanésie) reflétant les controverses phylogénétiques existantes. Quelques populations ont été identifiées comme des "taxons joker" hautement instables (par exemple, Andamanais, Malgaches). La classification linguistique s'intègre plutôt mal sur la topologie du super-arbre, soutenant l'idée que la coévolution directe entre gènes et langues est loin d'être universelle.