Cadre computationnel pour simuler des images de microscopie à fluorescence avec des populations cellulaires

La microscopie à fluorescence combinée à l'imagerie numérique constitue une plateforme de base pour de nombreuses études biomédicales dans le domaine de l'imagerie cellulaire. À mesure que les études s'appuyant sur l'analyse d'images numériques sont devenues populaires, la validation des méthodes de traitement d'images utilisées dans la cytométrie d'images automatisée est devenue un sujet important. En particulier, le besoin d'une validation efficace est né des nouveaux systèmes de microscopie à haut débit où la validation manuelle est impratique. Nous présentons une plateforme de simulation pour générer des images synthétiques de populations cellulaires colorées à la fluorescence avec des propriétés réalistes. De plus, nous montrons que les images synthétiques permettent la validation des méthodes d'analyse pour la cytométrie d'images automatisée et la comparaison de leurs performances. Enfin, nous suggérons des scénarios d'utilisation supplémentaires pour le simulateur. Le cadre de simulation présenté, avec plusieurs paramètres contrôlables par l'utilisateur, constitue un outil polyvalent pour de nombreuses tâches de validation, et est disponible gratuitement à http://www.cs.tut.fi/sgn/csb/simcep.