Métagénomique pour la détection des pathogènes en santé publique

Les méthodes traditionnelles de détection des pathogènes dans la surveillance des maladies infectieuses en santé publique reposent sur l'identification d'agents déjà connus pour être associés à un syndrome clinique particulier. Le domaine émergent de la métagénomique a le potentiel de révolutionner la détection des pathogènes dans les laboratoires de santé publique en permettant la détection simultanée de tous les micro-organismes dans un échantillon clinique, sans connaissance a priori de leurs identités, grâce à l'utilisation du séquençage ADN de nouvelle génération. Une seule analyse métagénomique a le potentiel de détecter des pathogènes rares et nouveaux, et de révéler le rôle des microbiomes dysbiotiques dans les maladies humaines infectieuses et chroniques. En utilisant les avancées des plateformes de séquençage et des outils de bioinformatique, des études récentes ont montré que la métagénomique peut même déterminer les séquences de génome entier des pathogènes, permettant de faire des inférences sur la résistance aux antibiotiques, la virulence, l'évolution et la transmission. Nous entrons dans une ère où davantage de nouvelles maladies infectieuses seront identifiées par des méthodes basées sur la métagénomique que par des méthodes de laboratoire traditionnelles. L'élan est maintenant donné aux laboratoires de santé publique pour intégrer les techniques de métagénomique dans leurs arsenaux diagnostiques.