Reconnaissance des homologies protéiques distantes en utilisant des informations tridimensionnelles pour générer une matrice de scores spécifique à la position dans le programme 3D-PSSM

Une méthode (3D-PSSM) pour reconnaître des homologues de séquences protéiques distantes est décrite. La méthode utilise des protéines homologues de structure tridimensionnelle similaire dans la base de données SCOP (Murzin, A. G. et al., 1995, J. Mol. Biol. 247, 536-540) pour obtenir une équivalence structurelle des résidus. Ces équivalences sont utilisées pour étendre des séquences multiplement alignées obtenues par des recherches de séquences standards (c'est-à-dire des profils 1D). Le profil 3D résultant est converti en une matrice de scores spécifique à la position (un 3D-PSSM). L'approche est évaluée sur la reconnaissance d'homologues distants dans la base de données SCOP et en comparant les taux de réussite et d'erreur. Les 3D-PSSM sont comparés aux 1D-PSSM et à deux approches de recherche sensibles largement utilisées - PSI-BLAST (Altschul, S.