Identification de deux nouveaux pathovars de Pantoea stewartii subsp. indologenes affectant Allium sp. et les millets

Pantoea stewartii subsp. indologenes est un agent pathogène de la tache foliaire du millet queue de renard et du millet perlé ; cependant, de nouvelles souches ont récemment été identifiées comme étant pathogènes sur l'oignon. Nous avons caractérisé phénotypiquement et génotypiquement 17 souches de P. stewartii subsp. indologenes provenant d'oignons et d'autres sources (millet perlé, millet queue de renard, pulse de guar, verveine et maïs). Sur la base de l'évaluation de la plage d'hôtes, nous proposons deux pathovars : P. stewartii subsp. indologenes pv. cepacicola pv. nov. et P. stewartii subsp. indologenes pv. setariae pv. nov. P. stewartii subsp. indologenes pv. cepacicola pv. nov. provoque des symptômes sur les Allium spp. (poireau, oignon, ciboulette et oignon vert japonais) et sur le millet queue de renard, le millet perlé et l'avoine. Cependant, P. stewartii subsp. indologenes pv. setariae pv. nov. ne peut infecter que les membres de la famille des Poaceae (millet queue de renard, millet perlé et avoine). Nous proposons également que la souche type de P. stewartii subsp. indologenes (LMG 2632 T) soit désignée comme une souche pathotype de P. stewartii subsp. indologenes pv. setariae et recommandons que la souche PNA 14-12 soit désignée comme la souche pathotype de P. stewartii subsp. indologenes pv. cepacicola. L'hybridation numérique ADN-ADN (dDDH), l'identité nucléotidique moyenne (ANI) et l'analyse de séquence multiloculaire ont montré que les deux pathovars sont étroitement liés sur le plan génotypique. Notre étude a également montré que les pathovars de P. stewartii subsp. indologenes et P. stewartii subsp. stewartii partagent une forte relation génotypique et ne peuvent être différenciés par les valeurs de dDDH et d'ANI. Bien que les nouveaux pathovars proposés ne soient pas clairement distinguables par leurs profils d'acides gras et d'ester méthylique et par leurs modes d'utilisation des substrats, un acide gras (inconnu avec un temps de rétention : 10,9525) et quelques métabolites (3-méthyl glucose, Na butyrate et acide fusidique) peuvent potentiellement être utilisés pour les distinguer. Nous rapportons également la distribution des facteurs de pathogénicité (HiVir, hrcC) et de virulence (alt) de Pantoea spp. dans les nouveaux pathovars. L'impact de ces nouveaux pathovars dans le système pathologique de la pourriture centrale de l'oignon reste à déterminer.